orthomcl-同源基因查找软件

以下是关于“OrthoMCL-同源基因查找软件”的完整攻略，包含两个示例。

背景

OrthoMCL是一种用于同源基因查找的软件。它可以将多个物种的基因组序列进行比对，找出其中的同源基因。在使用OrthoMCL时，我们需要了解如何安装和使用它。

安装

在使用OrthoMCL之前，我们需要先安装它。具体步骤如下：

1. 下载OrthoMCL软件包。

bash
wget http://orthomcl.org/common/downloads/software/v2.0/orthomclSoftware-v2.0.9.tar.gz

1. 解压软件包。

bash
tar -zxvf orthomclSoftware-v2.0.9.tar.gz

1. 安装依赖项。

bash
sudo apt-get install mysql-server
sudo apt-get install libmysqlclient-dev
apt-get install ncbi-blast+

1. 配置数据库。

bash
mysql -u root -p
create database orthomcl;
grant all privileges on orthomcl.* to 'orthomcluser'@'localhost' identified by 'password';
flush privileges;
exit;

1. 配置OrthoMCL。

bash
cd orthomclSoftware-v2.0.9
cp orthomcl.config.template orthomcl.config

1. 修改配置文件。

bash
vi orthomcl.config

将以下行修改为正确的值：

ConnectString=dbi:mysql:orthomcl:localhost:3306
dbLogin=orthomcluser
dbPassword=password

1. 安装OrthoMCL。

bash
perl installModules.pl

使用

在安装OrthoMCL之后，我们可以它来查找同源基因。具体步骤如下：

1. 准备输入文件。

输入文件应该是一个FASTA格式的文件，其中包含多个物种的基因组序列。

1. 运行OrthoMCL。

bash
orthomclInstallSchema orthomcl.config
orthomclAdjustFasta input.fasta 1
orthomclFilterFasta goodProteins.fasta badProteins.fasta
makeblastdb -in goodProteins.fasta -dbtype prot
blastp -query goodProteins.fasta -db goodProteins.fasta -outfmt 6 -out blast.out
orthomclBlastParser blast.out compliantFasta
orthomclLoadBlast orthomcl.config compliantFasta
orthomclPairs orthomcl.config pairs.log cleanup=yes
orthomclDumpPairsFiles orthomcl.config
mcl mclInput --abc -I 1.5 -o mclOutput
orthomclMclToGroups groupName 1 < mclOutput

1. 输出结果。

输出结果是一个文本文件，其中包含每个同源基因组的成员列表。

示例一：查找两个物种的同源基因

以下是一个查找两个物种的同源基因的示例：

1. 准备输入文件。

输入文件是一个FASTA格式的文件，其中包含两个物种的基因组序列。

1. 运行OrthoMCL。

bash
orthomclInstallSchema orthomcl.config
orthomclAdjustFasta input.fasta 1
orthomclFilterFasta goodProteins.fasta badProteins.fasta
makeblastdb -in goodProteins.fasta -dbtype prot
blastp -query goodProteins.fasta -db goodProteins.fasta -outfmt 6 -out blast.out
orthomclBlastParser blast.out compliantFasta
orthomclLoadBlast orthomcl.config compliantFasta
orthomclPairs orthom.config pairs.log cleanup=yes
orthomclDumpPairsFiles orthomcl.config
mcl mclInput --abc -I 1.5 -o mclOutput
orthomclMclToGroups groupName 1 < mclOutput

1. 输出结果。

输出结果是一个文本文件，其中包含每个同源基因组的成员列表。

示例二：查找三个物种的同源基因

以下是一个查找三个物种的同源基因的示例：

1. 准备输入文件。

输入文件是一个FASTA格式的文件，其中包含三个物种的基因组序列。

1. 运行OrthoMCL。

bash
orthomclInstallSchema orthomcl.config
orthomclAdjustFasta input.fasta 1
orthomclFilterFasta goodProteins.fasta badProteins.fasta
makeblastdb -in goodProteins.fasta -dbtype prot
blastp -query goodProteins.fasta -db goodProteins.fasta -outfmt 6 -out blast.out
orthomclBlastParser blast.out compliantFasta
orthomclLoadBlast orthomcl.config compliantFasta
orthomclPairs orthomcl.config pairs.log cleanup=yes
orthomclDumpPairsFiles orthomcl.config
mcl mclInput --abc -I 1.5 -o mclOutput
orthomclMclToGroups groupName 1 < mclOutput

1. 输出结果。

输出结果是一个文本文件，其中包含每个同源基因组的成员列表。

结论

在使用OrthoMCL时，我们需要先安装它，并准备输入。然后，我们可以使用OrthoMCL来找同源基因。使用OrthoMCL时，我们需要运行一系列命令，包括调整FASTA文件、过滤蛋白质、构建BLAST数据库、运行BLAST、析BLAST结果、加载BLAST结果、生成同源基因对、转换MCL格式、生成同源基因组。无论是查找两个物种的同源基因还是查找三个物的同源基因，我们都可以轻松地使用OrthoMCL来完成。