【问题标题】：Reordering matrix elements to reflect column and row clustering in naiive python重新排序矩阵元素以反映朴素python中的列和行聚类
【发布时间】：2023-04-06 07:11:01
【问题描述】：

我正在寻找一种在矩阵行和列上分别执行聚类的方法，重新排序矩阵中的数据以反映聚类并将它们放在一起。聚类问题很容易解决，树状图的创建也很容易解决（例如在this blog 或"Programming collective intelligence" 中）。但是，我仍然不清楚如何重新排序数据。

最终，我正在寻找一种使用朴素 Python（使用任何“标准”库，如 numpy、matplotlib 等，但没有 using R 或其他外部工具）创建类似于以下图形的方法。


（来源：warwick.ac.uk）

澄清

有人问我重新排序是什么意思。当您首先按矩阵行，然后按其列对矩阵中的数据进行聚类时，可以通过两个树状图中的位置来识别每个矩阵单元。如果对原始矩阵的行和列重新排序，使树状图中彼此接近的元素在矩阵中彼此接近，然后生成热图，则数据的聚类对查看者可能会变得明显（如上图）

【问题讨论】：

  • 重新排序是什么意思？用另一个 n 交换 n 个相邻行/列？
  • 在处理矩阵时，您肯定想使用 numpy / scipy。 Matplotlib 也很好地模仿了 Matlab。这是一个交易：如果你可以在 Matlab 中做到这一点，你也可以在 scipy 中做到这一点（如果有的话，语法差异很小）。
  • 哦，为漂亮的照片 +1 ;-)
  • 我刚把这个放到github上：github.com/WarrenWeckesser/heatmapcluster

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